Son células aisladas de la blástula, que es el embrión incipiente de alrededor de ocho días de vida. Una característica especial es que son pluripotenciales, es decir, que pueden transformarse en casi cualquier tipo de célula pues son quienes se encargan de desarrollar a un ser humano completamente.
Cabe mencionar que éste tipo de células ha sido investigadas por mucho tiempo y solo han sido desarrolladas de manera exitosa in vitro. Sin embargo, el cultivo de las células madre embrionarias desató profundas consideraciones éticas y morales: ¿podría manipularse el material genético de las Células Madre Embrionarias con el propósito de reparar genes defectuosos en un órgano? ¿es posible realizar de forma in vitro órganos para que puedan ser trasplantados?. Es altamente cuestionable el hecho de extraer éste tipo de células madre de embriones que únicamente fueron creados para cumplir con éste propósito.
Por otra parte, quienes apoyan las investigaciones de las células madre embrionarias argumentan que un embrión está lejos de ser un ser humano completo y que vale la pena utilizarlos para salvar vidas e incrementar la calidad de vida, ya que dichos embriones ya no serían utilizados en tratamientos de fertilidad y serán desechados, entonces, ¿por qué no usarlos para salvar vidas en lugar de descartarlos?. Es un debate que ha restringido la investigación de éste tipo de células.
Sin embargo, si hacemos a un lado todos estos argumentos, lo principal es recalcar que aunque se han realizado estudios utilizando dichas células, se ha demostrado un riesgo latente de desarrollo de tumores, por lo que no existe un tratamiento completamente seguro y exitoso.